In Eggmans grootste overwinning tot nu toe heeft de kwaadaardige dokter een groot deel van de wereld veroverd met een mysterieuze nieuwe kracht. Een verzet bestaande uit Sonic's vrienden wordt gevormd om terug te vechten, en temidden van de chaos en vernietiging zal een onwaarschijnlijke held opstaan om Modern en Classic Sonic te helpen!